Kościół św. Tomasza jest najbardziej znany jako miejsce, w którym Johann Sebastian Bach pracował jako kapelmistrz (kierownik muzyczny) od 1723 r.do swojej śmierci w 1750 r. oraz jako miejsce jego szczątków.Od 1950 roku kości Jana Sebastiana Bacha są chowane w Thomaskirche. Inną godną uwagi cechą Thomaskirche jest to, że zawiera ona dwa organy. Starsze to romantyczne organy autorstwa Wilhelma Sauera, zbudowane w latach 1885-89. Ponieważ organy te są uważane za nieodpowiednie dla muzyki Bacha, drugie organy zostały zbudowane przez firmę Organ building company Geralda Woehla w latach 1999-2000. Te "organy Bacha" zostały zaprojektowane tak, aby wyglądały podobnie do starych organów, na których Bach grał w Paulinerkirche.W dzwonnicy Św. Tomasza znajdują się cztery dzwony. Największą z nich jest Gloriosa, którą w 1477 roku obsadził Theodericus Reinhard.
