Thomas Church is het beroemdst als de plaats waar Johann Sebastian Bach werkte als Kapellmeister (muziekdirecteur) van 1723 tot zijn dood in 1750, en als de locatie van zijn overblijfselen.Sinds 1950 worden de botten van Johann Sebastian Bach begraven in de Thomaskirche. Een ander opvallend kenmerk van de Thomaskirche is dat het twee organen bevat. De oudste is een romantisch orgel van Wilhelm Sauer, gebouwd uit 1885-89. Aangezien dit orgel wordt beschouwd als "ongeschikt" voor Bach\'s muziek, werd een tweede orgel gebouwd door Gerald Woehl\'s organ building company vanaf 1999-2000. Dit "Bach orgel" was ontworpen om te lijken op het oude orgel waarop Bach in de Paulinerkirche had gespeeld.Er zijn vier klokken in de St.Thomas bell tower. De grootste is de Gloriosa, die werd gecast door Theodericus Reinhard in 1477.
