Kostol sv. Tomáša je najznámejší ako miesto, kde Johann Sebastian Bach pracoval ako Kapellmeister (hudobný režisér) od roku 1723 až do svojej smrti v roku 1750 a ako miesto jeho pozostatkov.Od roku 1950 sú kosti Johanna Sebastiana Bacha pochované v Thomaskirche. Ďalšou pozoruhodnou črtou Thomaskirche je, že obsahuje dva orgány. Starší je romantický orgán Wilhelma Sauera, postavený v rokoch 1885-89. Keďže tento organ je považovaný za " nevhodný " pre bachovu hudbu, druhý organ postavil Gerald Woehl Organová stavebná firma od 1999-2000. Toto " Bach organ " bol navrhnutý tak, aby vyzeral podobne ako starý orgán, na ktorom Bach hral v Paulinerkirche.V zvonici sv. Tomáša sú štyri zvony. Najväčší je Gloriosa, ktorý obsadil Theodericus Reinhard v roku 1477.
