Η εκκλησία του Αγίου Θωμά είναι πιο γνωστή ως ο τόπος όπου ο Johann Sebastian Bach εργάστηκε ως Kapellmeister (μουσικός διευθυντής) από το 1723 μέχρι το θάνατό του το 1750 και ως η θέση των λειψάνων του.Από το 1950, τα οστά του Johann Sebastian Bach θάβονται στο Thomaskirche. Ένα άλλο αξιοσημείωτο χαρακτηριστικό του Thomaskirche είναι ότι περιέχει δύο όργανα. Το παλαιότερο είναι ένα ρομαντικό όργανο του Wilhelm Sauer, χτισμένο από το 1885-89. Δεδομένου ότι αυτό το όργανο θεωρείται "ακατάλληλο" για τη μουσική του Bach, ένα δεύτερο όργανο χτίστηκε από την Gerald Woehl\'s organ building company από το 1999-2000. Αυτό"Bach όργανο " σχεδιάστηκε για να μοιάζει με το παλιό όργανο στο οποίο ο Bach είχε παίξει στο Paulinerkirche.Υπάρχουν τέσσερις καμπάνες στο καμπαναριό του Αγίου Θωμά. Το μεγαλύτερο είναι το Gloriosa, το οποίο πετάχτηκε από τον Theodericus Reinhard το 1477.
