Η Προτεσταντική Εκκλησία του Αγίου Θωμά είναι ένα εξαιρετικό δείγμα της γοτθικής τέχνης της Αλσατίας.Οι ρίζες του κτιρίου της εκκλησίας ανάγονται σε ένα μοναστήρι Βενεδικτίνων από το έτος 600. Το μοναστήρι ήταν αφιερωμένο στον απόστολο Θωμά. Ο επίσκοπος Adalog διέταξε να χτιστεί εδώ μια νέα εκκλησία και ένα σχολείο τον 9ο αιώνα. Ωστόσο, το 1007 ένας κεραυνός χτύπησε το κτίριο και μια πυρκαγιά το μετέτρεψε σε ερείπια. Η πραγματική κατασκευή της εκκλησίας, όπως την ξέρουμε σήμερα, ξεκίνησε επομένως τον 12ο αιώνα. Χάρη σε ένα συγχωροχάρτι, η κατασκευή της πρόσοψης μπόρεσε να ξεκινήσει το 1196. Το παλαιότερο τμήμα της εκκλησίας είναι το παρεκκλήσι Blasius βόρεια του χορού. Ο κυρίως ναός ολοκληρώθηκε στα τέλη του 13ου αιώνα. Το 1330 προστέθηκαν δύο επιπλέον κλίτη. Η πόλη του Στρασβούργου φρόντισε για την κατασκευή ενός σχολείου το 1536.
Η εκκλησία του Αγίου Θωμά είναι μια πεντάκλιτη εκκλησία με αίθουσα. Το μήκος στο εσωτερικό της είναι 65 μέτρα, το πλάτος 30 μέτρα και το εσωτερικό ύψος 22 μέτρα. Όσον αφορά το ύφος, το κτίριο αντιπροσωπεύει ένα μείγμα ρομανικών και γοτθικών στοιχείων. Τα παλαιότερα οικοδομικά στοιχεία εξακολουθούν να ανήκουν στη ρωμανική παράδοση, όπως ο ογκώδης πύργος της πύλης. Το εγκάρσιο κλίτος με τον πύργο της διασταύρωσης, που χτίστηκε τον 13ο αιώνα, και ο χορός φέρουν γοτθικές μορφές. Τα πλαϊνά παρεκκλήσια, τα οποία χτίστηκαν μόλις τον 16ο αιώνα, είναι σε ύστερο γοτθικό ρυθμό. Από τα αυθεντικά μεσαιωνικά παράθυρα από μολυβδούχο γυαλί, μόνο το παράθυρο με την τριανταφυλλιά σώζεται στην πρόσοψη. Τα υπόλοιπα παράθυρα διακοσμούνται κυρίως με φυτικά μοτίβα, αφού πολλές από τις απεικονίσεις αγίων έπεσαν θύματα των λουθηρανών εικονοκλαστών. Η εκκλησία του Αγίου Θωμά ασπάζεται τη λουθηρανική πίστη Το 1524, η εκκλησία του Αγίου Θωμά στράφηκε προς τη λουθηρανική πίστη. Ακόμη και όταν η Αλσατία προσαρτήθηκε από την καθολική Γαλλία, η εκκλησία διατήρησε το λουθηρανικό της ήθος. Το ίδιο ίσχυε και για το συλλογικό ίδρυμα και τις περιουσίες του. Αργότερα, η Thomaskirche ήταν ο τόπος όπου ο Friedrich Spitta έκανε πρόβες νέων μορφών λατρείας κατά τη διάρκεια του "παλαιότερου λειτουργικού κινήματος".
Ο Andreas Silbermann πέτυχε ένα επιβλητικό όργανο στην Thomaskirche τον 17ο αιώνα. Ο Βόλφγκανγκ Αμαντέους Μότσαρτ έπαιξε σε αυτό το 1778 και αργότερα ο Άλμπερτ Σβάιτσερ στη μνήμη του Γιόχαν Σεμπάστιαν Μπαχ. Το 1979 το όργανο Silbermann ανακαινίστηκε από τον Alfred Kern. Εκτός από το όργανο Silbermann, η Thomaskirche διαθέτει επίσης ένα δεύτερο, μικρότερο όργανο. Το 1905 ο Fritz Haerpfer κατασκεύασε το μικρότερο όργανο χορωδίας σύμφωνα με τα σχέδια του Albert Schweitzer.
Η εκκλησία του Αγίου Θωμά είναι διάσημη για τα ταφικά της μνημεία. Τα μνημεία χρονολογούνται από το 1130 έως το 1850, συμπεριλαμβανομένου του ρωμανικού τάφου του επισκόπου Adelog του 12ου αιώνα. Αξίζει επίσης να δείτε τον τάφο του Γάλλου διοικητή στρατάρχη Moritz της Σαξονίας, ο οποίος πέθανε το 1750. Το μνημείο ολοκληρώθηκε το 1776 από τον Jean-Baptiste Pigalle. Ο επιβλητικός τάφος βρίσκεται στην αψίδα και απεικονίζει τον στρατάρχη να κατεβαίνει με βήμα από μια σκάλα μέσα στο φέρετρο, ενώ η εικονικά απεικονιζόμενη Γαλλία προσπαθεί να τον συγκρατήσει.
