Aziz Thomas Kilisesi, Johann Sebastian Bach'ın 1723'ten 1750'de ölümüne kadar bir Kapellmeister (müzik Direktörü) olarak çalıştığı ve kalıntılarının bulunduğu yer olarak ünlüdür.1950'den beri Johann Sebastian Bach'ın kemikleri Thomaskirche'ye gömüldü. Thomaskirche'nin bir diğer önemli özelliği, iki organ içermesidir. En büyüğü, 1885-89 yılları arasında inşa edilen Wilhelm Sauer tarafından romantik bir organdır. Bu organ Bach'ın müziği için "uygun olmayan" olarak kabul edildiğinden, ikinci organ 1999-2000 yılları arasında Gerald Woehl organ yapım şirketi tarafından inşa edildi. Bu "Bach organı", Bach'ın Paulinerkirche'de oynadığı eski organa benzeyecek şekilde tasarlandı.St. Thomas çan kulesi'nde dört çan vardır. En büyüğü, 1477'de Theodericus Reinhard tarafından atılan Gloriosa.
