Biserica St Thomas este cea mai cunoscută ca locul în care Johann Sebastian Bach a lucrat ca Kapellmeister (director muzical) din 1723 până la moartea sa în 1750 și ca locație a rămășițelor sale.Din 1950, oasele lui Johann Sebastian Bach sunt îngropate în Thomaskirche. O altă caracteristică notabilă a Thomaskirche este că conține două organe. Cea mai veche este o orgă romantică de Wilhelm Sauer, construită între 1885-89. Deoarece acest organ este considerat"nepotrivit " pentru muzica lui Bach, un al doilea organ a fost construit de Gerald Woehl\'s organ building company din 1999-2000. Acest"Bach organ " a fost conceput pentru a arata similar cu organul vechi pe care Bach a jucat în Paulinerkirche.Există patru clopote în clopotnița St. Thomas. Cea mai mare este Gloriosa, care a fost distribuită de Theodoricus Reinhard în 1477.
