St. Thomas-Kirken er mest kendt som det sted, hvor Johann Sebastian Bach arbejdet som Kapelmester (musikchef) fra 1723 til sin død i 1750, og som placeringen af hans jordiske rester.Siden 1950 er knoglerne af Johann Sebastian Bach begravet i Thomaskirche. Et andet bemærkelsesværdigt træk ved Thomaskirche er, at det indeholder to organer. Den ældre er et romantisk orgel af 18ilhelm Sauer, Bygget fra 1885-89. Da dette orgel anses&unsuitableuot; uegnet & .uot; for Bach\'s musik, et andet orgel blev bygget af Gerald organoehl\'s orgel building company fra 1999-2000. Dette&buot; Bach orgel & .uot; var designet til at ligne den gamle orgel, som Bach havde spillet i Paulinerkirche.Der er fire klokker i St. Thomas klokketårn. Den største er Gloriosa, som blev kastet af Theodericus Reinhard i 1477.
