La iglesia protestante de Santo Tomás es un excelente ejemplo del arte gótico alsaciano. Los orígenes del edificio de la iglesia se remontan a un monasterio benedictino del año 600. El monasterio estaba dedicado al apóstol Tomás. En el siglo IX, el obispo Adalog mandó construir aquí una nueva iglesia y una escuela. Sin embargo, en 1007 un rayo cayó sobre el edificio y un incendio lo redujo a escombros. Por lo tanto, la construcción real de la iglesia, tal y como la conocemos hoy, comenzó en el siglo XII. Gracias a un privilegio de indulgencia, la construcción de la fachada pudo iniciarse en 1196. La parte más antigua de la iglesia es la capilla de Blasius, al norte del coro. La nave se terminó a finales del siglo XIII. En 1330 se añadieron dos naves más. La ciudad de Estrasburgo dispuso la construcción de una escuela en 1536.
La iglesia de Santo Tomás es una iglesia de cinco naves. La longitud interior es de 65 metros, la anchura de 30 metros y la altura interior de 22 metros. En términos de estilo, el edificio representa una mezcla de elementos románicos y góticos. Los elementos constructivos más tempranos siguen perteneciendo a la tradición románica, como la enorme torre de la puerta. El transepto con la torre del crucero, construida en el siglo XIII, y el coro presentan formas góticas. Las capillas laterales, que no se construyeron hasta el siglo XVI, son de estilo gótico tardío. De los vitrales medievales originales, sólo se conserva el rosetón en la fachada. Las ventanas restantes están decoradas principalmente con motivos vegetales, después de que muchas de las representaciones de santos fueran víctimas de los iconoclastas luteranos. La iglesia de Santo Tomás se convierte a la fe luterana En 1524, la iglesia de Santo Tomás se convirtió a la fe luterana. Incluso cuando Alsacia fue anexionada por la Francia católica, la iglesia conservó su ética luterana. Lo mismo ocurrió con la fundación colegial y sus posesiones. Más tarde, la Thomaskirche fue el lugar donde Friedrich Spitta ensayó nuevas formas de culto en el curso del "movimiento litúrgico antiguo".
Andreas Silbermann consiguió un imponente órgano en la Thomaskirche en el siglo XVII. Wolfgang Amadeus Mozart tocó en él en 1778, y más tarde Albert Schweitzer en memoria de Johann Sebastian Bach. En 1979 el órgano Silbermann fue restaurado por Alfred Kern. Además del órgano Silbermann, la Thomaskirche cuenta con un segundo órgano más pequeño. En 1905, Fritz Haerpfer construyó el órgano de coro más pequeño según los planos de Albert Schweitzer.
La iglesia de Santo Tomás es famosa por sus monumentos funerarios. Los monumentos datan de entre 1130 y 1850, incluida la tumba románica del obispo Adelog, del siglo XII. También merece la pena ver la tumba del comandante francés Moritz de Sajonia, que murió en 1750. El monumento fue realizado en 1776 por Jean-Baptiste Pigalle. El imponente sepulcro está situado en el ábside y muestra al mariscal bajando a grandes zancadas por una escalera hacia el ataúd, mientras la Francia representada de forma figurada intenta retenerlo.
