Gereja Protestan Saint-Thomas adalah contoh terbaik seni Gothic Alsatian. Dia asal-usul bangunan gereja kembali ke biara Benedictine dari tahun 600. Biara ini didedikasikan untuk rasul Thomas. Bishop Adalog mengarahkan sebuah gereja dan sekolah baharu dibina di sini pada abad ke-9. Walau bagaimanapun, pada tahun 1007 sambaran petir melanda bangunan itu dan kebakaran menyebabkannya menjadi runtuhan. Pembinaan sebenar gereja seperti yang kita ketahui hari ini oleh itu bermula pada abad ke-12. Terima kasih kepada keistimewaan indulgensi, pembinaan façade boleh dimulakan pada tahun 1196. Bahagian tertua gereja ialah Blasius Chapel di utara koir. Nave telah siap pada akhir abad ke-13. Pada tahun 1330, dua nave tambahan telah ditambah. Bandar Strasbourg mengatur pembinaan sebuah sekolah pada tahun 1536.Gereja St. Thomas ialah gereja dewan lima nave. Panjang di dalam ialah 65 meter, lebar 30 meter dan ketinggian dalaman 22 meter. Dari segi gaya, bangunan ini mewakili campuran unsur Romanesque dan Gothic. Elemen bangunan terawal masih tergolong dalam tradisi Romanesque, seperti menara gerbang besar. Transept dengan menara penyeberangan, yang dibina pada abad ke-13, dan koir itu mempunyai bentuk Gothic. Kapel sisi, yang tidak dibina sehingga abad ke-16, adalah dalam gaya Gothic lewat. Daripada tingkap kaca berplumbum zaman pertengahan yang asal, hanya tingkap mawar yang masih berada di bahagian hadapan. Tingkap-tingkap yang tinggal kebanyakannya dihiasi dengan motif tumbuhan, selepas banyak penggambaran orang kudus menjadi mangsa ikonoklas Lutheran.Gereja St. Thomas memeluk agama LutheranPada tahun 1524, Gereja St. Thomas beralih kepada kepercayaan Lutheran. Walaupun ketika Alsace diilhamkan oleh Perancis Katolik, gereja itu mengekalkan etos Lutherannya. Begitu juga dengan yayasan kolej dan harta bendanya. Kemudian, Thomaskirche adalah tempat di mana Friedrich Spitta berlatih bentuk ibadat baru dalam perjalanan "gerakan liturgi yang lebih tua".Andreas Silbermann mencapai organ yang mengagumkan di Thomaskirche pada abad ke-17. Wolfgang Amadeus Mozart memainkannya pada tahun 1778, dan kemudiannya Albert Schweitzer untuk mengenang Johann Sebastian Bach. Pada tahun 1979 organ Silbermann telah dipulihkan oleh Alfred Kern. Selain organ Silbermann, Thomaskirche juga mempunyai organ kedua yang lebih kecil. Pada tahun 1905 Fritz Haerpfer membina organ koir yang lebih kecil mengikut rancangan Albert Schweitzer.Gereja St. Thomas terkenal dengan monumen pengebumiannya. Monumen ini bermula dari antara 1130 dan 1850, termasuk makam Romanesque Bishop Adelog dari abad ke-12. Juga patut dilihat ialah makam komander Perancis Marshal Moritz dari Saxony, yang meninggal dunia pada tahun 1750. Monumen itu telah disiapkan pada tahun 1776 oleh Jean-Baptiste Pigalle. Makam yang mengagumkan terletak di apse dan menunjukkan marshal menuruni tangga ke dalam keranda, manakala Perancis yang digambarkan secara kiasan cuba menahannya.
