Gereja Protestan Saint-Thomas adalah contoh yang sangat baik dari seni Gotik Alsatian. Asal-usul bangunan gereja ini berasal dari biara Benediktin dari tahun 600. Biara ini didedikasikan untuk rasul Thomas. Uskup Adalog memerintahkan pembangunan gereja dan sekolah baru di sini pada abad ke-9. Namun, pada tahun 1007, sebuah sambaran petir menghantam bangunan ini dan api meruntuhkannya menjadi puing-puing. Oleh karena itu, pembangunan gereja yang sebenarnya seperti yang kita kenal sekarang dimulai pada abad ke-12. Berkat hak istimewa indulgensi, pembangunan fasad dapat dimulai pada tahun 1196. Bagian tertua dari gereja ini adalah Kapel Blasius di utara paduan suara. Nave selesai dibangun pada akhir abad ke-13. Pada tahun 1330, dua nave tambahan ditambahkan. Kota Strasbourg mengatur pembangunan sekolah pada tahun 1536.
Gereja Santo Thomas adalah gereja aula lima nave. Panjang di dalamnya adalah 65 meter, lebar 30 meter dan tinggi interior 22 meter. Dalam hal gaya, bangunan ini merupakan campuran elemen Romawi dan Gotik. Elemen bangunan paling awal masih termasuk dalam tradisi Romawi, seperti menara gerbang yang besar. Transept dengan menara penyeberangan, yang dibangun pada abad ke-13, dan paduan suara memiliki bentuk Gotik. Kapel-kapel samping, yang tidak dibangun sampai abad ke-16, bergaya Gotik akhir. Dari jendela kaca bertimbal asli abad pertengahan, hanya jendela mawar yang masih ada di fasad. Jendela-jendela yang tersisa sebagian besar dihiasi dengan motif tanaman, setelah banyak penggambaran orang-orang kudus menjadi korban ikonoklas Lutheran. Gereja Santo Thomas beralih ke iman Lutheran Pada tahun 1524, Gereja Santo Thomas beralih ke iman Lutheran. Bahkan ketika Alsace dianeksasi oleh Prancis Katolik, gereja tetap mempertahankan etos Lutherannya. Hal yang sama juga berlaku untuk yayasan kolegium dan harta miliknya. Kemudian, Thomaskirche adalah tempat di mana Friedrich Spitta melatih bentuk-bentuk ibadah baru dalam perjalanan "gerakan liturgi yang lebih tua".
Andreas Silbermann berhasil membuat organ yang mengesankan di Thomaskirche pada abad ke-17. Wolfgang Amadeus Mozart memainkannya pada tahun 1778, dan kemudian Albert Schweitzer untuk mengenang Johann Sebastian Bach. Pada tahun 1979 organ Silbermann direstorasi oleh Alfred Kern. Selain organ Silbermann, Thomaskirche juga memiliki organ kedua yang lebih kecil. Pada tahun 1905 Fritz Haerpfer membangun organ paduan suara yang lebih kecil sesuai dengan rencana Albert Schweitzer.
Gereja Santo Thomas terkenal dengan monumen penguburannya. Monumen-monumen tersebut berasal dari antara tahun 1130 dan 1850, termasuk makam Romawi Uskup Adelog dari abad ke-12. Yang juga patut dilihat adalah makam komandan Prancis Marsekal Moritz dari Saxony, yang meninggal pada tahun 1750. Monumen ini selesai dibangun pada tahun 1776 oleh Jean-Baptiste Pigalle. Makam yang megah terletak di apse dan menunjukkan marshal melangkah menuruni tangga ke peti mati, sementara Prancis yang digambarkan secara kiasan mencoba menahannya.
