Le fort de São João Baptista, situé sur l'île de Berlenga, a été construit en 1651, sur ordre de D. João IV, et achevé en 1656. Le fort est relié au continent par un pont de pierre. Construit dans le but d'empêcher l'occupation de l'île par des corsaires nord-africains ou des puissances ennemies, le fort a connu l'épisode de guerre le plus célèbre de son histoire en juin 1666. À cette date, le fort de São João Baptista a été assiégé par une flotte espagnole, composée de quatorze navires et d'une caravelle, sous le commandement de D. Diogo Ibarra. La fortification, défendue à l'époque par une petite garnison de seulement vingt hommes et neuf pièces d'artillerie, et commandée par Avelar Pessoa, a pu résister pendant deux jours au féroce bombardement ennemi et provoquer une réduction considérable des forces assiégeantes, qui s'est soldée par près de cinq cents morts, un navire coulé et deux autres fortement endommagés, contre un mort et quatre blessés du côté lusitanien. Le manque de provisions et de munitions et la désertion de certains soldats, qui font comprendre à D. Diogo Ibarra la situation dramatique des phoques portugais, provoquent finalement la capitulation du fort de São João Baptista. Le fort, relié au continent par un pont de pierre, est définitivement abandonné en 1847.
