L'església protestant de Saint-Thomas és un excel·lent exemple de l'art gòtic alsacià. Els orígens de l'església es remunten a un monestir benedictí de l'any 600. El monestir va ser dedicat a l'apòstol Tomàs. El bisbe Adalog va ordenar que es construïssin aquí una nova església i escola al segle IX. Tanmateix, l'any 1007 un llamp va impactar l'edifici i un incendi el va reduir a runa. La construcció real de l'església tal com la coneixem avui va començar, doncs, al segle XII. Gràcies a un privilegi d'indulgència, la construcció de la façana es va poder començar l'any 1196. La part més antiga de l'església és la capella de Blasius al nord del cor. La nau es va acabar a finals del segle XIII. L'any 1330 s'hi van afegir dues naus addicionals. La ciutat d'Estrasburg va organitzar la construcció d'una escola el 1536.L'església de Sant Tomàs és una església de cinc naus. La longitud interior és de 65 metres, l'amplada de 30 metres i l'alçada interior de 22 metres. Pel que fa a l'estil, l'edifici representa una barreja d'elements romànics i gòtics. Els elements constructius més antics encara pertanyen a la tradició romànica, com la torre massissa de la porta. El creuer amb la torre de travessia, construïda al segle XIII, i el cor tenen formes gòtiques. Les capelles laterals, que no es van construir fins al segle XVI, són d'estil gòtic tardà. De les finestres de vidre emplomats medievals originals, només queda la rosassa a la façana. Les finestres restants estan decorades principalment amb motius vegetals, després que moltes de les representacions de sants fossin víctimes dels iconoclastes luterans.L'església de Sant Tomàs es converteix a la fe luteranaL'any 1524, l'església de Sant Tomàs es va convertir en la fe luterana. Fins i tot quan Alsàcia va ser annexada per la França catòlica, l'església va conservar el seu ethos luterana. El mateix passava amb la fundació col·legiata i les seves possessions. Més tard, la Thomaskirche va ser el lloc on Friedrich Spitta va assajar noves formes de culte en el transcurs del "moviment litúrgic més antic".Andreas Silbermann va aconseguir un orgue imponent a l'església de Thomas al segle XVII. Wolfgang Amadeus Mozart hi va tocar el 1778, i més tard Albert Schweitzer en memòria de Johann Sebastian Bach. El 1979 l'orgue Silbermann va ser restaurat per Alfred Kern. A més de l'orgue Silbermann, la Thomaskirche també té un segon orgue més petit. El 1905 Fritz Haerpfer va construir l'orgue del cor més petit segons els plans d'Albert Schweitzer.L'església de Sant Tomàs és famosa pels seus monuments funeraris. Els monuments daten entre els anys 1130 i 1850, entre els quals destaca la tomba romànica del bisbe Adelog del segle XII. També val la pena veure la tomba del comandant francès mariscal Moritz de Saxònia, que va morir el 1750. El monument va ser acabat el 1776 per Jean-Baptiste Pigalle. L'imponent sepulcre es troba a l'absis i mostra el mariscal baixant per una escala cap al taüt, mentre la França representada en sentit figurat intenta contenir-lo.
