Vinipego ežeras (kartu su Manitobos ežeru) yra priešistorinio Agasizo ežero liekanos iš paskutinio ledynmečio. Tas ežeras buvo toks didžiulis, kad pakeitė pasaulio klimatą ir buvo didesnis už penkis Didžiuosius ežerus kartu paėmus. Jis išnyko maždaug prieš 4000 metų.
Vinipego ežeras yra didelis, bet taip pat gana seklus. Tai yra šeštas pagal dydį gėlo vandens ežeras Kanadoje ir trečias pagal dydį Kanados teritorijoje. Jame yra daug salų, iš kurių dauguma lieka neužstatytos.