Püha Toomase protestantlik kirik on suurepärane näide Alsaatia gootikast.Kirikuhoone ajalugu ulatub tagasi benediktiini kloostrisse aastast 600. Klooster oli pühendatud apostel Toomasele. Piiskop Adalog käskis 9. sajandil ehitada siia uue kiriku ja kooli. Kuid 1007. aastal tabas hoonet välgulöök ja tulekahju hävitas selle rusudeks. Seega algas kiriku tegelik ehitamine, nagu me seda tänapäeval teame, 12. sajandil. Tänu indulgentsprivileegile sai fassaadi ehitamist alustada 1196. aastal. Kiriku vanim osa on koorist põhja pool asuv Blasiuse kabel. Kirikuhoone valmis 13. sajandi lõpus. Aastal 1330 lisati kaks täiendavat kirikulaeva. Strasbourgi linn korraldas 1536. aastal kooli ehitamise.
Toomase kirik on viie laevaga saalikirik. Sisemine pikkus on 65 meetrit, laius 30 meetrit ja sisekõrgus 22 meetrit. Stiili poolest esindab hoone romaani ja gooti elementide segu. Varasemad ehituselemendid kuuluvad endiselt romaani traditsiooni, näiteks massiivne väravatorn. Ristkülik koos 13. sajandil ehitatud ristitorni ja kooriga kannavad gootilisi vorme. Külgkappelid, mis ehitati alles 16. sajandil, on hilisgooti stiilis. Esialgsetest keskaegsetest pliiakendest on fassaadil säilinud vaid roosiaken. Ülejäänud aknad on peamiselt kaunistatud taimemotiividega, sest paljud pühakute kujutised langesid luterlike ikonoklastide ohvriks. Toomase kirik pöördub luteri usku. 1524. aastal pöördus Toomase kirik luteri usku. Isegi kui Elsass annekteeriti katoliikliku Prantsusmaa poolt, säilitas kirik oma luterliku eetose. Sama kehtis ka kollegiaalse sihtasutuse ja selle valduste kohta. Hiljem oli Thomaskirche koht, kus Friedrich Spitta proovis "vanema liturgilise liikumise" käigus uusi jumalateenistuse vorme.
Andreas Silbermann saavutas 17. sajandil Thomaskirche imposantse oreli. Wolfgang Amadeus Mozart mängis sellel 1778. aastal ja hiljem Albert Schweitzer Johann Sebastian Bachi mälestuseks. 1979. aastal restaureeris Silbermanni oreli Alfred Kern. Lisaks Silbermanni orelile on Thomaskirches ka teine, väiksem orel. Fritz Haerpfer ehitas 1905. aastal Albert Schweitzeri plaanide järgi väiksema koorioreli.
Thomaskirik on kuulus oma matusemälestiste poolest. Monumendid pärinevad ajavahemikust 1130-1850, sealhulgas piiskop Adelogi romaani ajastu hauakamber 12. sajandist. Vaatamisväärne on ka 1750. aastal surnud Prantsuse väejuhi, Saksimaa marssal Moritz'i hauakamber. Mälestusmärk valmis 1776. aastal Jean-Baptiste Pigalle'i poolt. Imposantne hauaplats asub apsises ja kujutab marssali, kes sammub trepist alla kirstu, samal ajal kui piltlikult kujutatud Prantsusmaa püüab teda kinni hoida.