El llac Winnipeg (juntament amb el llac Manitoba) són restes del llac prehistòric Agassiz de l'última edat glacial. Aquell llac era tan massiu que va canviar el clima del món i era més gran que els cinc Grans Llacs junts. Va desaparèixer fa uns 4.000 anys.
El llac Winnipeg és gran, però també és relativament poc profund. És el sisè llac d'aigua dolça més gran del Canadà i el tercer més gran que es troba completament al Canadà. És la llar de moltes illes de les quals la majoria romanen sense desenvolupar.