Liqeni Winnipeg (së bashku me liqenin Manitoba) janë mbetje të liqenit prehistorik Agassiz nga epoka e fundit e akullit. Ai liqen ishte aq masiv sa ndryshoi klimën e botës dhe ishte më i madh se pesë Liqenet e Mëdha së bashku. Ajo u zhduk rreth 4000 vjet më parë.
Liqeni Winnipeg është i madh, por është gjithashtu relativisht i cekët. Është liqeni i gjashtë më i madh i ujërave të ëmbla në Kanada dhe i treti më i madh që ndodhet plotësisht brenda Kanadasë. Është shtëpia e shumë ishujve, shumica e të cilëve mbeten të pazhvilluar.