Lake Winnipeg (ásamt Lake Manitoba) eru leifar af forsögulegu Lake Agassiz frá síðustu ísöld. Það vatn var svo stórfellt að það breytti loftslagi heimsins og var stærra en stórvötnin fimm samanlagt. Það hvarf fyrir um 4.000 árum.
Winnipeg-vatn er stórt en það er líka tiltölulega grunnt. Það er sjötta stærsta ferskvatnsvatn Kanada og það þriðja stærsta sem er alveg staðsett innan Kanada. Það er heimili margra eyja sem flestar eru enn óþróaðar.