Il lago Winnipeg (insieme al lago Manitoba) è un residuo del preistorico lago Agassiz, risalente all'ultima era glaciale. Questo lago era così imponente da cambiare il clima del mondo ed era più grande dei cinque Grandi Laghi messi insieme. È scomparso circa 4.000 anni fa.
Il lago Winnipeg è grande, ma anche relativamente poco profondo. È il sesto lago d'acqua dolce più grande del Canada e il terzo più grande ad essere completamente situato all'interno del Paese. Ospita molte isole, la maggior parte delle quali non è stata sviluppata.