Evangelický kostel svatého Tomáše je vynikajícím příkladem alsaské gotiky.Původ stavby kostela sahá až do benediktinského kláštera z roku 600. Klášter byl zasvěcen apoštolu Tomášovi. V 9. století zde biskup Adalog nechal postavit nový kostel a školu. V roce 1007 však do budovy udeřil blesk a požár ji proměnil v trosky. Vlastní stavba kostela, jak ho známe dnes, tedy začala ve 12. století. Díky odpustkovému privilegiu mohla být v roce 1196 zahájena stavba průčelí. Nejstarší částí kostela je Blasiova kaple severně od chóru. Loď byla dokončena na konci 13. století. V roce 1330 byly přistavěny další dvě lodě. V roce 1536 město Štrasburk zajistilo výstavbu školy.
Kostel svatého Tomáše je pětilodní halový kostel. Délka uvnitř je 65 metrů, šířka 30 metrů a vnitřní výška 22 metrů. Z hlediska slohu představuje stavba směs románských a gotických prvků. Nejstarší stavební prvky patří ještě k románské tradici, například mohutná věž s bránou. Transept s křížovou věží, který byl postaven ve 13. století, a chór nesou gotické formy. Boční kaple, které byly postaveny až v 16. století, jsou pozdně gotické. Z původních středověkých olověných oken se v průčelí dochovalo pouze růžicové okno. Zbývající okna jsou zdobena převážně rostlinnými motivy poté, co mnohá vyobrazení světců padla za oběť luteránským ikonoklastům. Kostel svatého Tomáše přechází na luteránskou víru V roce 1524 přešel kostel svatého Tomáše na luteránskou víru. I když bylo Alsasko připojeno ke katolické Francii, kostel si zachoval svůj luteránský étos. Totéž platilo i pro kolegiátní nadaci a její majetek. Později byl Thomaskirche místem, kde Friedrich Spitta v rámci "staršího liturgického hnutí" zkoušel nové formy bohoslužby.
Andreas Silbermann dosáhl v 17. století v Thomaskirche impozantních varhan. V roce 1778 na ně hrál Wolfgang Amadeus Mozart a později Albert Schweitzer na památku Johanna Sebastiana Bacha. V roce 1979 Silbermannovy varhany restauroval Alfred Kern. Kromě Silbermannových varhan se v kostele Thomaskirche nacházejí ještě druhé, menší varhany. V roce 1905 postavil Fritz Haerpfer menší varhany na kůru podle plánů Alberta Schweitzera.
Kostel svatého Tomáše je známý svými funerálními památkami. Památky pocházejí z let 1130 až 1850, včetně románské hrobky biskupa Adeloga z 12. století. Za vidění stojí také hrobka francouzského vojevůdce maršála Mořice Saského, který zemřel v roce 1750. Pomník byl dokončen v roce 1776 Jeanem-Baptistem Pigallem. Impozantní náhrobek se nachází v apsidě a zobrazuje maršála, jak kráčí po schodišti do rakve, zatímco se ho obrazně vyobrazená Francie snaží zadržet.