Kościół protestancki Saint-Thomas jest doskonałym przykładem alzackiego gotyku. Początki budynku kościoła sięgają klasztoru benedyktyńskiego z roku 600. Klasztor ten był poświęcony apostołowi Tomaszowi. W IX wieku biskup Adalog nakazał wybudować tu nowy kościół i szkołę. Jednak w 1007 roku w budynek uderzył piorun, a pożar zredukował go do gruzów. Właściwa budowa kościoła, jaki znamy dzisiaj, rozpoczęła się więc w XII wieku. Dzięki przywilejowi odpustowemu w 1196 roku można było rozpocząć budowę fasady. Najstarszą częścią kościoła jest kaplica Blasiusa znajdująca się na północ od chóru. Nawa została ukończona pod koniec XIII wieku. W 1330 roku dobudowano dwie dodatkowe nawy. Miasto Strasburg zorganizowało budowę szkoły w 1536 roku.
Kościół św. Tomasza jest pięcionawowym kościołem halowym. Długość wewnątrz wynosi 65 metrów, szerokość 30 metrów, a wysokość wnętrza 22 metry. Pod względem stylistycznym budowla reprezentuje mieszankę elementów romańskich i gotyckich. Najwcześniejsze elementy budowlane należą jeszcze do tradycji romańskiej, jak np. masywna wieża bramna. Transept z wieżą przejazdową, która została zbudowana w XIII wieku, oraz chór noszą formy gotyckie. Kaplice boczne, które zostały zbudowane dopiero w XVI wieku, są w stylu późnogotyckim. Z oryginalnych średniowiecznych ołowianych okien w fasadzie zachowało się tylko okno różane. Pozostałe okna ozdobione są głównie motywami roślinnymi, po tym jak wiele przedstawień świętych padło ofiarą luterańskich ikonoklastów. Kościół św. Tomasza przechodzi na wiarę luterańską W 1524 roku kościół św. Tomasza przeszedł na wiarę luterańską. Nawet gdy Alzacja została przyłączona do katolickiej Francji, kościół zachował swój luterański etos. To samo dotyczyło fundacji kolegiaty i jej posiadłości. W późniejszym okresie kościół tomaszowski był miejscem, gdzie Friedrich Spitta w ramach "starszego ruchu liturgicznego" próbował nowych form kultu.
W XVII wieku Andreas Silbermann uzyskał w kościele Thomaskirche imponujące organy. W 1778 roku grał na nich Wolfgang Amadeus Mozart, a później Albert Schweitzer na pamiątkę Johanna Sebastiana Bacha. W 1979 roku organy Silbermanna zostały odrestaurowane przez Alfreda Kerna. Oprócz organów Silbermanna kościół Tomaszków posiada również drugie, mniejsze organy. W 1905 roku Fritz Haerpfer zbudował mniejsze organy na chórze według planów Alberta Schweitzera.
Kościół św. Tomasza znany jest z pomników pogrzebowych. Zabytki pochodzą z lat 1130-1850, w tym romański grobowiec biskupa Adeloga z XII wieku. Warto również zobaczyć grobowiec francuskiego dowódcy marszałka Moryca z Saksonii, który zmarł w 1750 roku. Pomnik został ukończony w 1776 roku przez Jean-Baptiste Pigalle. Imponujący grobowiec znajduje się w absydzie i przedstawia marszałka schodzącego po schodach do trumny, podczas gdy obrazowo przedstawiona Francja próbuje go powstrzymać.