Jezero Winnipeg (zajedno s jezerom Manitoba) ostaci su pretpovijesnog jezera Agassiz iz posljednjeg ledenog doba. To jezero je bilo toliko masivno da je promijenilo svjetsku klimu i bilo je veće od pet Velikih jezera zajedno. Nestao je prije oko 4000 godina.
Jezero Winnipeg je veliko, ali je i relativno plitko. To je šesto po veličini slatkovodno jezero u Kanadi i treće po veličini koje se u cijelosti nalazi unutar Kanade. Dom je mnogih otoka od kojih je većina ostala nerazvijena.