L'église protestante Saint-Thomas est un excellent exemple de l'art gothique alsacien. Les origines du bâtiment de l'église remontent à un monastère bénédictin de l'an 600. Le monastère était dédié à l'apôtre Thomas. L'évêque Adalog a ordonné la construction d'une nouvelle église et d'une école au IXe siècle. Cependant, en 1007, la foudre a frappé le bâtiment et un incendie l'a réduit à l'état de ruines. La construction proprement dite de l'église telle que nous la connaissons aujourd'hui a donc commencé au 12e siècle. Grâce à un privilège d'indulgence, la construction de la façade a pu être entamée en 1196. La partie la plus ancienne de l'église est la chapelle Blasius, au nord du chœur. La nef a été achevée à la fin du 13e siècle. En 1330, deux nefs supplémentaires ont été ajoutées. La ville de Strasbourg a fait construire une école en 1536.
L'église Saint-Thomas est une église-halle à cinq nefs. La longueur intérieure est de 65 mètres, la largeur de 30 mètres et la hauteur intérieure de 22 mètres. En termes de style, le bâtiment représente un mélange d'éléments romans et gothiques. Les éléments de construction les plus anciens appartiennent encore à la tradition romane, comme la tour massive du portail. Le transept avec la tour de croisée, qui a été construite au 13ème siècle, et le chœur ont des formes gothiques. Les chapelles latérales, qui n'ont été construites qu'au XVIe siècle, sont de style gothique tardif. Des fenêtres médiévales originales en verre plombé, seule la rosace subsiste sur la façade. Les autres fenêtres sont principalement décorées de motifs végétaux, après que de nombreuses représentations de saints aient été victimes des iconoclastes luthériens. L'église Saint-Thomas se convertit à la foi luthérienne En 1524, l'église Saint-Thomas se convertit à la foi luthérienne. Même lorsque l'Alsace est annexée par la France catholique, l'église conserve son éthique luthérienne. Il en va de même pour la fondation de la collégiale et ses possessions. Plus tard, la Thomaskirche fut le lieu où Friedrich Spitta répéta de nouvelles formes de culte dans le cadre du "mouvement liturgique ancien".
Andreas Silbermann a réalisé un orgue imposant dans la Thomaskirche au 17e siècle. Wolfgang Amadeus Mozart y joua en 1778, et plus tard Albert Schweitzer en mémoire de Johann Sebastian Bach. En 1979, l'orgue Silbermann a été restauré par Alfred Kern. En plus de l'orgue Silbermann, la Thomaskirche possède également un second orgue, plus petit. En 1905, Fritz Haerpfer a construit le petit orgue de chœur d'après les plans d'Albert Schweitzer.
L'église Saint-Thomas est célèbre pour ses monuments funéraires. Les monuments datent de 1130 à 1850, dont la tombe romane de l'évêque Adelog du 12e siècle. La tombe du maréchal Moritz de Saxe, commandant français décédé en 1750, mérite également d'être vue. Le monument a été achevé en 1776 par Jean-Baptiste Pigalle. L'imposant tombeau est situé dans l'abside et montre le maréchal descendant à grands pas un escalier vers son cercueil, tandis que la France, représentée de manière figurative, tente de le retenir.