La chiesa protestante di Saint-Thomas è un eccellente esempio di arte gotica alsaziana. lle origini della chiesa risalgono a un monastero benedettino del 600. Il monastero era dedicato all'apostolo Tommaso. Il monastero era dedicato all'apostolo Tommaso. Nel IX secolo il vescovo Adalog fece costruire qui una nuova chiesa e una scuola. Tuttavia, nel 1007 un fulmine colpì l'edificio e un incendio lo ridusse in macerie. La costruzione vera e propria della chiesa come la conosciamo oggi iniziò quindi nel XII secolo. Grazie a un privilegio di indulgenza, la costruzione della facciata poté iniziare nel 1196. La parte più antica della chiesa è la Cappella di Blasio a nord del coro. La navata centrale fu completata alla fine del XIII secolo. Nel 1330 furono aggiunte altre due navate. Nel 1536 la città di Strasburgo fece costruire una scuola.
La chiesa di San Tommaso è una chiesa a cinque navate. La lunghezza interna è di 65 metri, la larghezza di 30 metri e l'altezza interna di 22 metri. In termini di stile, l'edificio rappresenta una miscela di elementi romanici e gotici. I primi elementi dell'edificio appartengono ancora alla tradizione romanica, come la massiccia torre del cancello. Il transetto con la torre di incrocio, costruita nel XIII secolo, e il coro presentano forme gotiche. Le cappelle laterali, costruite solo nel XVI secolo, sono in stile tardo gotico. Delle vetrate medievali originali, solo il rosone è ancora presente sulla facciata. Le finestre rimanenti sono decorate principalmente con motivi vegetali, dopo che molte delle raffigurazioni di santi furono vittime degli iconoclasti luterani. La chiesa di San Tommaso si converte alla fede luterana Nel 1524, la chiesa di San Tommaso si convertì alla fede luterana. Anche quando l'Alsazia fu annessa alla Francia cattolica, la chiesa mantenne la sua etica luterana. Lo stesso vale per la fondazione collegiale e i suoi possedimenti. In seguito, la Thomaskirche fu il luogo in cui Friedrich Spitta provò nuove forme di culto nel corso del "movimento liturgico più antico".
Andreas Silbermann realizzò un imponente organo nella Thomaskirche nel XVII secolo. Su di esso suonarono Wolfgang Amadeus Mozart nel 1778 e successivamente Albert Schweitzer in memoria di Johann Sebastian Bach. Nel 1979 l'organo Silbermann è stato restaurato da Alfred Kern. Oltre all'organo Silbermann, la Thomaskirche possiede anche un secondo organo più piccolo. Nel 1905 Fritz Haerpfer costruì l'organo corale più piccolo secondo i progetti di Albert Schweitzer.
La chiesa di San Tommaso è famosa per i suoi monumenti funebri. I monumenti risalgono a un periodo compreso tra il 1130 e il 1850, tra cui la tomba romanica del vescovo Adelog del XII secolo. Da vedere anche la tomba del comandante francese Maresciallo Moritz di Sassonia, morto nel 1750. Il monumento fu completato nel 1776 da Jean-Baptiste Pigalle. L'imponente tomba si trova nell'abside e mostra il maresciallo che scende da una scala verso la bara, mentre la Francia, raffigurata in modo figurato, cerca di trattenerlo.