Biserica protestantă Saint-Thomas este un exemplu excelent de artă gotică alsaciană.originile clădirii bisericii datează de la o mănăstire benedictină din anul 600. Mănăstirea a fost dedicată apostolului Toma. Episcopul Adalog a ordonat construirea unei noi biserici și a unei școli aici în secolul al IX-lea. Cu toate acestea, în anul 1007, un fulger a lovit clădirea, iar un incendiu a redus-o la ruine. Prin urmare, construcția efectivă a bisericii, așa cum o cunoaștem astăzi, a început în secolul al XII-lea. Datorită unui privilegiu de indulgență, construcția fațadei a putut fi începută în 1196. Cea mai veche parte a bisericii este Capela Blasius, la nord de cor. Naosul a fost finalizat la sfârșitul secolului al XIII-lea. În 1330, au fost adăugate două nave suplimentare. Orașul Strasbourg a dispus construirea unei școli în 1536.
Biserica Sfântul Toma este o biserică cu cinci naosuri. Lungimea interioară este de 65 de metri, lățimea de 30 de metri și înălțimea interioară de 22 de metri. Din punct de vedere al stilului, clădirea reprezintă un amestec de elemente romanice și gotice. Cele mai vechi elemente de construcție aparțin încă tradiției romanice, cum ar fi turnul masiv al porții. Transeptul cu turnul de încrucișare, care a fost construit în secolul al XIII-lea, și corul poartă forme gotice. Capelele laterale, care nu au fost construite decât în secolul al XVI-lea, sunt în stil gotic târziu. Dintre ferestrele medievale originale din sticlă cu plumb, doar fereastra cu trandafiri se mai păstrează în fațadă. Ferestrele rămase sunt decorate în principal cu motive vegetale, după ce multe dintre reprezentările de sfinți au căzut victime iconoclaștilor luterani. Biserica Sfântul Toma se convertește la credința luterană În 1524, Biserica Sfântul Toma s-a convertit la credința luterană. Chiar și atunci când Alsacia a fost anexată de Franța catolică, biserica și-a păstrat ethosul luteran. Același lucru a fost valabil și pentru fundația colegială și pentru bunurile sale. Mai târziu, Thomaskirche a fost locul în care Friedrich Spitta a repetat noi forme de cult în cursul "mișcării liturgice mai vechi".
Andreas Silbermann a realizat o orgă impunătoare în Thomaskirche în secolul al XVII-lea. Wolfgang Amadeus Mozart a cântat la ea în 1778, iar mai târziu Albert Schweitzer în memoria lui Johann Sebastian Bach. În 1979, orga Silbermann a fost restaurată de Alfred Kern. Pe lângă orga Silbermann, Thomaskirche are și o a doua orgă, mai mică. În 1905, Fritz Haerpfer a construit orga mai mică a corului după planurile lui Albert Schweitzer.
Biserica Sfântul Toma este renumită pentru monumentele sale funerare. Monumentele datează între 1130 și 1850, inclusiv mormântul romanic al episcopului Adelog din secolul al XII-lea. De asemenea, merită văzut mormântul comandantului francez Mareșalul Moritz de Saxonia, care a murit în 1750. Monumentul a fost finalizat în 1776 de Jean-Baptiste Pigalle. Impozantul mormânt se află în absidă și îl arată pe mareșal coborând pe o scară în sicriu, în timp ce Franța, reprezentată la figurat, încearcă să-l rețină.