Protestan Saint-Thomas Kilisesi, Alsas Gotik sanatının mükemmel bir örneğidir. Kilise binasının kökenleri 600 yılından kalma bir Benedikten manastırına kadar uzanmaktadır. Manastır havari Thomas'a adanmıştır. Piskopos Adalog 9. yüzyılda burada yeni bir kilise ve okul inşa edilmesini emretmiştir. Ancak 1007 yılında binaya bir yıldırım düşmüş ve çıkan yangın binayı harabeye çevirmiştir. Bugün bildiğimiz kilisenin asıl inşası bu nedenle 12. yüzyılda başlamıştır. Bir hoşgörü ayrıcalığı sayesinde dış cephenin inşasına 1196 yılında başlanabilmiştir. Kilisenin en eski bölümü koronun kuzeyindeki Blasius Şapeli'dir. Nef 13. yüzyılın sonunda tamamlanmıştır. 1330 yılında iki nef daha eklenmiştir. Strasbourg şehri 1536 yılında bir okul inşa edilmesini sağlamıştır.
Thomas Kilisesi beş nefli bir salon kilisesidir. İç uzunluğu 65 metre, genişliği 30 metre ve iç yüksekliği 22 metredir. Stil açısından bina Romanesk ve Gotik unsurların bir karışımını temsil etmektedir. Büyük kapı kulesi gibi en eski yapı unsurları hala Romanesk geleneğe aittir. Transept ile 13. yüzyılda inşa edilen haç kulesi ve koro Gotik formlar taşımaktadır. Ancak 16. yüzyıla kadar inşa edilmemiş olan yan şapeller geç Gotik tarzdadır. Ortaçağ'dan kalma orijinal kurşunlu cam pencerelerden sadece gül pencere halen ön cephede yer almaktadır. Geri kalan pencereler, aziz tasvirlerinin birçoğunun Lutherci ikonoklastların kurbanı olmasının ardından, çoğunlukla bitki motifleriyle süslenmiştir. Aziz Thomas Kilisesi Lüteriyen inancına geçti Thomas Kilisesi 1524 yılında Lutherci inanca yönelmiştir. Alsace, Katolik Fransa tarafından ilhak edildiğinde bile kilise Lutherci etosunu korudu. Aynı şey kolej vakfı ve mülkleri için de geçerliydi. Daha sonra Thomaskirche, Friedrich Spitta'nın "eski litürjik hareket" sırasında yeni ibadet biçimlerini prova ettiği yer oldu.
Andreas Silbermann 17. yüzyılda Thomaskirche'ye görkemli bir org kazandırmıştır. Wolfgang Amadeus Mozart 1778'de ve daha sonra Albert Schweitzer Johann Sebastian Bach'ın anısına bu orgda çalmıştır. Silbermann orgu 1979 yılında Alfred Kern tarafından restore edilmiştir. Thomaskirche'de Silbermann orgunun yanı sıra daha küçük ikinci bir org daha bulunmaktadır. Fritz Haerpfer 1905 yılında Albert Schweitzer'in planlarına göre küçük koro orgunu inşa etmiştir.
Thomas Kilisesi mezar anıtlarıyla ünlüdür. Anıtlar, 12. yüzyıldan kalma Piskopos Adelog'un Romanesk mezarı da dahil olmak üzere 1130 ile 1850 yılları arasına tarihlenmektedir. Ayrıca 1750 yılında ölen Fransız komutan Saksonya'lı Mareşal Moritz'in mezarı da görülmeye değerdir. Anıt 1776 yılında Jean-Baptiste Pigalle tarafından tamamlanmıştır. Apsiste yer alan heybetli mezarda Mareşal bir merdivenden tabutun içine doğru ilerlerken, mecazi olarak tasvir edilen Fransa onu durdurmaya çalışmaktadır.