プロテスタント教会であるサン・トーマス教会は、アルザス・ゴシック様式の優れた例です。この修道院は、使徒トマスに捧げられていた。9世紀、アダログ司教はここに新しい教会と学校を建てるよう命じた。しかし、1007年に落雷があり、火災で瓦礫と化した。そのため、現在のような教会の建設が始まったのは12世紀である。1196年に免罪符のおかげで、ファサードの建設が開始された。教会で最も古い部分は、聖歌隊の北側にあるブラジウス礼拝堂である。身廊は13世紀末に完成した。1330年には、2つの身廊が追加された。1536年、ストラスブール市は、学校の建設を手配しました。
聖トマス教会は、5つの身廊を持つ教会です。内部の長さは65メートル、幅は30メートル、内部の高さは22メートルです。様式としては、ロマネスクとゴシックの要素が混在しています。初期の建築要素は、巨大な門塔のようなロマネスクの伝統にまだ属している。13世紀に建てられた渡り廊下のあるトランセプトと聖歌隊は、ゴシック様式を呈している。側廊は16世紀になってから建設されたもので、後期ゴシック様式である。中世に作られた鉛ガラスの窓のうち、ファサードに残っているのはバラ窓だけです。残りの窓は主に植物のモチーフで飾られていますが、これは聖人の描写の多くがルター派のイコノクラストの犠牲となったためです。 聖トマス教会、ルター派に改宗 1524年、聖トマス教会はルター派に転向した。アルザスがカトリックのフランスに併合されても、教会はルター派の気風を保ち続けた。コレージュ財団とその所有物も同様であった。その後、トーマス教会は、フリードリッヒ・スピッタが「古い典礼運動」の過程で新しい礼拝形式を練習した場所となった。
アンドレアス・ジルバーマンは、17世紀、トーマス教会に堂々たるオルガンを完成させた。1778年にはヴォルフガング・アマデウス・モーツァルトが、後にはアルベルト・シュバイツァーがヨハン・セバスティアン・バッハを偲んで演奏している。1979年、アルフレッド・カーンによってジルバーマンオルガンは修復された。トーマス教会には、ジルバーマンオルガンの他に、もう一台小さなオルガンがあります。1905年、フリッツ・ヘアプファーが、アルベルト・シュヴァイツァーの設計に従って、この小さな聖歌隊用オルガンを製作しました。
聖トマス教会は、その葬祭用モニュメントで有名です。1130年から1850年の間に作られたモニュメントで、12世紀のロマネスク様式のアデログ司教の墓もあります。また、1750年に亡くなったフランス軍司令官、ザクセン元帥モーリッツの墓も見ごたえがあります。このモニュメントは、1776年にジャン＝バティスト・ピガールによって完成されました。この堂々たる墓は後陣にあり、階段を下りて棺に入る元帥と、それを食い止めようとするフランスが比喩的に描かれている。