אגם וויניפג (יחד עם אגם מניטובה) הם שרידים של אגם אגסיס הפרהיסטורי מתקופת הקרח האחרונה. האגם הזה היה כל כך מסיבי שהוא שינה את האקלים בעולם והיה גדול יותר מחמשת האגמים הגדולים גם יחד. הוא נעלם לפני כ-4,000 שנה.
אגם וויניפג גדול, אבל הוא גם רדוד יחסית. זהו אגם המים המתוקים השישי בגודלו בקנדה והשלישי בגודלו שנמצא לחלוטין בתוך קנדה. זהו ביתם של איים רבים שרובם נותרו לא מפותחים.