Озеро Вінніпег (разом з озером Манітоба) є залишками доісторичного озера Агассіс останнього льодовикового періоду. Це озеро було настільки величезним, що змінило світовий клімат і було більшим за п’ять Великих озер разом узятих. Він зник приблизно 4000 років тому.
Озеро Вінніпег велике, але відносно мілке. Це шосте за величиною прісноводне озеро в Канаді та третє за величиною, яке повністю розташоване в Канаді. Тут розташовано багато островів, більшість з яких залишаються незабудованими.