Протестантська церква Святого Томаса є чудовим зразком ельзаської готики, витоки якої сягають бенедиктинського монастиря 600 року. Монастир був присвячений апостолу Фомі. У 9 столітті єпископ Адалог наказав побудувати тут нову церкву і школу. Однак у 1007 році в будівлю влучила блискавка і пожежа перетворила її на руїни. Таким чином, фактичне будівництво церкви, яку ми знаємо сьогодні, розпочалося у 12 столітті. Завдяки привілею-індульгенції у 1196 році було розпочато будівництво фасаду. Найстарішою частиною костелу є каплиця Блазія на північ від хору. Неф був завершений наприкінці 13 століття. У 1330 році було добудовано два додаткових нефа. У 1536 році місто Страсбург організувало будівництво школи.
Церква Святого Томаса - п'ятинефна зальна церква. Довжина всередині - 65 метрів, ширина - 30 метрів, внутрішня висота - 22 метри. За стилем будівля являє собою суміш романських і готичних елементів. Найбільш ранні елементи будівлі все ще належать до романської традиції, як, наприклад, масивна надбрамна вежа. Трансепт з надбрамною вежею, яка була побудована в 13 столітті, і хор мають готичні форми. Бічні каплиці, які були побудовані лише в 16 столітті, виконані в стилі пізньої готики. З оригінальних середньовічних вікон з свинцевого скла на фасаді збереглося лише вікно-троянда. Решта вікон в основному прикрашені рослинними мотивами, після того, як багато зображень святих стали жертвами лютеранських іконоборців. Костел Святого Томи переходить у лютеранську віру У 1524 році церква Святого Томаса перейшла в лютеранську віру. Навіть коли Ельзас був анексований католицькою Францією, церква зберегла свій лютеранський дух. Те ж саме стосувалося і колегіальної фундації та її майна. Пізніше Томаскирхе була місцем, де Фрідріх Шпітта відпрацьовував нові форми богослужіння в ході "старого літургійного руху".
Андреас Зільберманн у 17 столітті домігся встановлення у Томаскирхе вражаючого органу. У 1778 році на ньому грав Вольфганг Амадей Моцарт, а пізніше Альберт Швейцер в пам'ять про Йоганна Себастьяна Баха. У 1979 році орган Зільбермана був відреставрований Альфредом Керном. Крім органу Зільбермана, в Томаскирхе є також другий, менший за розміром орган. У 1905 році Фріц Герпфер побудував менший хоровий орган за планами Альберта Швейцера.
Церква св. Томаса відома своїми надгробними пам'ятниками. Пам'ятники датуються періодом між 1130 і 1850 роками, в тому числі романська гробниця єпископа Аделога з 12 століття. Також варто побачити могилу французького полководця маршала Моріца Саксонського, який помер у 1750 році. Пам'ятник був завершений в 1776 році Жаном-Батистом Пігалем. Велична гробниця розташована в апсиді і зображує маршала, який спускається сходами в труну, а образно зображена Франція намагається його затримати.