Археологічний музей Міконосу був зведений у 1902 році. Музей був створений, перш за все, з метою збереження решток, знайдених у Ямі очищення, яка датується 426-425 рр. до н.е. Ця яма була розкопана у 1898 р. відомим вченим Д. Ставропулосом на мальовничому острівці Ренея. Витончена архітектурна споруда музею була побудована за проектом відомого архітектора Александроса Ликакіса. Ідея будівництва будівлі, в якій розмістився музей, народилася у Міністерстві освіти Греції у співпраці з Афінським археологічним товариством. Особливу увагу привертає колекція ваз, що належать до елліністичного періоду. Однією з головних визначних пам'яток музею є досить художньо виконаний піфос, на якому майстерно зображені сцени взяття Трої. Цей чудовий піфос був знайдений у 1961 році під час копання колодязя на острові Міконос.
На піфосі художньо зображено падіння троянського війська від квінтесенції дерев'яного коня. Корпус піфоса вкритий панелями із зображенням воїнів, які йдуть у наступ на невинних жінок і дітей. Вчені вважають, що піфос датується 7 століттям до нашої ери. Тут же знаходиться масивна архаїчна амфора, яка вирізняється вигадливою орнаментацією. Особливе значення має статуя зі сфінксом на шиї та кінською головою на тулубі.
Привертає увагу і могильна стела Глікона, яка була випадково знайдена в морі. Загиблий зображений сидячим на камені, в гострому і задумливому настрої, який дивиться в бік носа корабля. На постаменті викарбувано напис з такими словами: "Глікон, син Протогеніса, доброчесний, прощавай". Ця могильна стела є однією з безцінних колекцій музею.
Крім надгробної стели Глікона, в музеї є також надгробна стела Терції Горарії. Померла жінка зображена сидячою і простягає прощальну руку своєму чоловікові, який стоїть навпроти. Також є зображення дитини-рабині, яка тримає в руках скриньку з коштовностями своєї померлої господині. Ця могильна стела була встановлена на мармуровому саркофазі з написом Tertia Horaria на відомому елліністичному кладовищі, розташованому в Ренеї. Вважається, що вона належить до 2-го століття до нашої ери.
З Ренеї також походить статуя Геракла. Ця безцінна статуя була знайдена в 1899 році всередині безпечного раю Геракла. Сміливець зображений оголеним і тримає в лівій руці булаву та левову шкуру. Ця вишукана статуя виготовлена з найкращого сорту парійського мармуру і, як вважають, належить до 2-го століття. Квінтесенція кікладської сковорідки з її складним орнаментом, що включає жіночі геніталії на нижній частині, була розкопана з могили на Міконосі, і вважається, що вона належить до ранньої кікладської епохи.
Одним з найвідоміших артефактів музею є архаїчна гідрія, прикрашена складним квітковим візерунком та зображеннями коней. Це лише одна з багатьох ваз, які були знайдені в Очищувальній ямі. Заслуговує на увагу і дивовижна червонофігурна гідрія, яка нагадує за розміром літаючого Нікея. З лівого боку видніється олень, який біжить у напрямку до лівої сторони.
Давньогрецька цивілізація, як відомо, використовувала глину для надання форми художнім фігурам. В Археологічному музеї Міконосу експонується чудова глиняна фігурка прекрасної жінки, яка зображена у традиційному хітоні та хітоні. Ця рідкісна глиняна фігурка була знайдена в Ренеї і датується 2 століттям. Також привертає увагу своєю присутністю статуя небіжчика в традиційному одязі. Як і глиняна фігурка прекрасної жінки, ця статуя небіжчика теж була розкопана з місцевості елліністичної Ренеї.